第89回東京箱根間往復大学駅伝競走予選会が10月20日、東京立川市の陸上自衛隊立川駐屯地～国営昭和記念公園の20kmコースで行われ、2013年1月2日、3日の本大会に出場する9校が決定した。シード校10校と関東学連選抜を合わせて計20チームが本大会に出場する。 予選会の成績は上位から順に、日本体育大学、帝京大学、中央学院大学、大東文化大学、上武大学、神奈川大学、日本大学、法政大学、東京農業大学の9校。日本大学は2年ぶり、法政大学は3年ぶりに本大会出場となる。40回連続出場の東海大学は惜しくも出場権を逃した。 なお、シード校は、東洋大学、駒沢大学、明治大学、早稲田大学、青山学院大学、城西大学、順天堂大学、中央大学、山梨学院大学、国学院大学の10校。関東学連選抜は、本大会に出場できなかった大学から選抜したメンバーで構成される。 第89回東京箱根間往復大学駅伝競走（箱根駅伝）は、往路が2013年1月2日（水）、復路が翌3日（木）に行われる。
