近畿日本鉄道(近鉄)と京都市交通局は3月4日、京都市内在住の新型コロナウイルス感染者が、相互乗入れを行なっている近鉄京都線と京都市営地下鉄烏丸線を利用していたことが3月3日に判明したと発表した。これを受けて近鉄では、利用された自社車両を特定した上で、同日夜間に手で接触した可能性がある吊り手や手すりなどを消毒する緊急対応を行なった。京都市交通局でも、利用された地下鉄車両16両や駅、市バス5両に同様の対応を行なっている。一方、新型コロナウイルスの感染拡大を受けた各鉄道事業者の自粛の動きは依然として続いており、3月9・10日に予定されていた北海道新幹線を利用した初の鮮魚輸送が、東京駅での販売イベント取り止めにより中止となった。