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政府の経済財政諮問会議は2021年6月18日、「経済財政運営と改革の基本方針2021（骨太方針2021）」を閣議決定した。中学校への35人学級導入の検討、災害時等にオンライン教育に移行できる態勢を年内に全国で整えること等を盛り込んでいる。
文部科学省は2021年6月17日、飛鳥新社の記事に対する抗議文書を公表した。「危機に立つ教科書検定 教科書調査官が突然泣き出した」と題した月刊Hanadaの2021年7月号掲載記事について、事実誤認と強く抗議し、記事の撤回を求めている。
文部科学省は2021年6月16日、「2020年度（令和2年度）地方教育費調査」の中間報告を公表した。2019年度（令和元年度）に支出された地方教育費総額は、前年度（2018年度）比4,153億円（2.6％）増の16兆3,848億円と、2年ぶりに増加した。
文部科学省は2021年6月15日、大学や高等専門学校、教育委員会等に向けて、国内外でワクチン接種が進捗しつつあること等を踏まえて、大学間交流協定等に基づく1年間の海外留学プログラムについて、学生の安全確保に万全を期することを前提に再開すると通知した。
新型コロナウイルス感染症ワクチンの大学拠点接種について、文部科学省は2021年6月14日までに161大学から相談があり、このうち東北大学や慶應義塾大学等8大学が6月21日から接種開始の目途がついていると発表した。
文部科学省は2021年6月21日、全国的な学力調査のCBT化検討ワーキンググループの第10回会議をオンラインにて開催する。傍聴希望者は、6月18日午後5時までに会議傍聴受付システムから登録すること。
文部科学省は2021年6月11日、「新型コロナウイルス感染症対策の基本的対処方針」が変更されたことを受けて、全国の学校設置者に変更内容を通知するとともに、あらためて基本的対処方針等に基づき感染症対策を徹底するよう要請した。
名古屋市教育委員会は、GIGAスクール構想において市立小中学校に配布を進めているタブレット端末について、市の個人情報保護条例に違反している疑いがあるとして使用を一時中止した。目的を明らかにしないまま操作履歴を収集して保管していることが問題視されている。
文部科学省は2021年7月6日、GIGAスクールと宇宙飛行士が連携した教育活動「GIGAスクール特別講座 ～君も宇宙へ！～」を開催する。事前申込不要。ISSに滞在している星出宇宙飛行士への質問やメッセージを6月15日午後5時より受け付ける。
大学の人員・施設等を活用した新型コロナウイルス感染症のワクチン接種について、萩生田光一文部科学大臣は2021年6月11日、97大学から申請の相談があり、そのうち32大学が接種の申請を行ったことを明らかにした。
浸水想定区域や土砂災害警戒区域に立地し、市町村地域防災計画で要配慮者利用施設として位置づけられている公立学校が、全体の3割を占めることが2021年6月8日、文部科学省の調査結果から明らかになった。避難確保計画作成や避難訓練を行っていない学校もあった。
文部科学省は2021年6月8日、「学校の『危機管理マニュアル』等の評価・見直しガイドライン」を公表した。「チェックリスト編」「解説編」「サンプル編」の3編で構成しており、各学校で危機管理マニュアルの見直し・改善を行う際等に活用できる。
文部科学省は2021年6月8日、「デジタル教科書の今後の在り方等に関する検討会議」の第一次報告を公表した。2024年度（令和6年度）からの学習者用デジタル教科書の本格的な導入を目指すにあたり、必要となる取組みや留意すべき事項等をまとめている。
大学におけるワクチン接種の取組みを支援するため、文部科学省は2021年6月4日、省内に「大学等ワクチン接種加速化検討チーム」を設置した。大学等の教職員・学生へのワクチン接種を加速化させるため、約40人体制でチームを組んで進めていく。
文部科学省は2021年6月2日、新型コロナウイルスに関連した感染症対策に関する対応について、Webサイト上の「教育活動の実施等に関するQ&A」を更新した。部活動に関することについて、Q&A方式で文部科学省の考えを紹介している。
国立教育政策研究所は2021年6月1日、2021年度（令和3年度）全国学力・学習状況調査（全国学力テスト）について「経年変化分析調査」「保護者に
対する調査」の概要を公開した。いずれも6月1日から30日の期間中、抽出した対象学校が実施可能な日時に行う。
