文部科学省は2021年9月29日、2022年度（令和4年度）国公立大学入学者選抜について概要を発表した。国立82大学と公立94大学、計176大学であわせて12万7,330人募集する。宮城教育大学（教育）や埼玉大学（経済・昼）等で新たに総合型選抜を行う。
文部科学省は2021年9月29日、「令和7年度（2025年度）大学入学者選抜に係る大学入学共通テスト実施大綱の予告（補遺）」について各教育委員会等に通知を発出。新科目「情報I」では、既卒者に向けて選択可能な経過措置問題を出題する方針を示した。
文部科学省は2021年9月28日、「新型コロナウイルス感染症対策の基本的対処方針」が変更されたことを受けて、大学等の設置者に向けて、変更内容を通知した。引き続き、感染症対策の徹底と学修機会確保の両立に取り組むとともに、大学入学者選抜の実施等を要請している。
全国に発令されていた緊急事態宣言等が2021年9月30日をもって終了することを受けて、文部科学省は9月28日、小中学校や高校等の設置者に向けて留意事項を通知した。感染拡大への警戒を緩めることなく、引き続き感染症対策の徹底を継続するよう求めている。
文部科学省は2021年9月28日、2021年度（令和3年度）第1回高等学校卒業程度認定試験（高卒認定試験）の結果を公表した。前年度比756人増の8,854人が受験し、高卒認定試験合格者数は前年度比157人増の3,894人だった。
国立大学協会は、大学入学共通テストで英語認定資格・検定試験の活用、記述式問題の出題が見送られたことを受け、「2020年度以降の国立大学の入学者選抜制度－国立大学協会の基本方針－」を改訂し、ガイドライン等を廃止した。
文部科学省は2021年9月24日、2022年度（令和4年度）開設予定の大学の学部等の設置届出（7月分）を公表した。京都美術工芸大学は2022年4月、建築学部を新設する。秋田県立大学と秋田大学は、共同大学院として共同サステナブル工学専攻を設置する。
文部科学省は2021年9月21日、各国公私立大学長に対して外国人入学志願者の受験機会確保徹底についての通知を発出。すでに出願を開始している大学に向けて、入国できない入学志願者を対象に、ICTを活用したオンラインによる試験の実施等の代替措置を講じるよう求めた。
文部科学省は2021年9月17日、新型コロナウイルス感染症の影響を踏まえた新学期への対応等に関する状況について、第2回調査結果を公表した。9月13日時点で短縮授業または分散登校を実施している割合は、高等学校と中等教育学校で3割を超えた。
文部科学省は2021年9月16日、新型コロナウイルス感染症ワクチンの大学拠点接種について、9月20日週にワクチン接種を開始する大学の状況を発表した。神田外語大、大阪国際大等、4大学が開始する。
文部科学省は2021年9月17日、学校関係者における新型コロナウイルス感染症の感染状況について発表した。2020年6月1日から2021年8月31日までの間、幼児児童生徒5万4,149人の感染の報告があった。特に2021年8月は7月の3.4倍へと急増している。
文部科学省は、ワクチン接種が留学先から求められている今秋留学予定の18歳以下の高校生等について、2021年9月24日をもってワクチン接種案内の新規申請受付を終了すると発表した。申請を予定している場合は、9月24日までに申請するよう呼びかけている。
文部科学省は2021年9月14日、新型コロナウイルスワクチンについて、希望する受験生が早期に接種できるよう各自治体に配慮を要請する考えを示した。受験生のワクチン接種に積極的に取り組んでいる自治体の事例を集めた事務連絡も厚生労働省とともに発出した。
2022年度（令和4年度）大学入学共通テストについて、文部科学省は2021年9月14日、体調不良の受験生が安心して選択できるよう、全都道府県に追試験会場を設置すると発表した。
文部科学省は2021年9月10日、新型コロナウイルス感染症等により登校できない児童生徒の出席の扱いについて、対象者や要件を整理した資料を公表した。オンラインを活用した学習の扱い等について規定している。
文部科学省は2021年9月9日、緊急事態宣言の延長等にともない「新型コロナウイルス感染症対策の基本的対処方針」が変更されたことを受けて、大学等の学校設置者に変更内容を通知した。感染症対策の徹底と学修機会の確保を両立する工夫等をあらためて要請している。
