文部科学省は2021年9月9日、政府の「新型コロナウイルス感染症対策の基本的対処方針」が変更されたことを受け、各学校とその設置者に対して変更内容を通知し、感染対策の徹底を要請した。
文部科学省は2021年9月10日、「2022年度（令和4年度）大学入学者選抜実施要項に関するQ&A」を公開した。新型コロナウイルス感染症にともなう追試験の実施、濃厚接触者への対応、受験生のマスク着用の義務付け等に関して、わかりやすくまとめている。
文部科学省は2021年9月10日、2022年度（令和4年度）以降の高等学校入学者選抜等における配慮等について全国の学校設置者に通知を出した。高等学校入学者選抜等において、PCR検査の陰性証明や新型コロナワクチン接種を受検要件としないよう配慮を求めている。
文部科学省は2021年9月16日、「多様な背景を持つ児童生徒への生徒指導に関するワーキンググループ（第1回）」をオンライン開催する。会議のようすはオンラインで一般に公開。傍聴希望者は9月14日正午までにWebサイトより申し込む。
ピープルデザイン研究所と文部科学省、渋谷区は2021年9月18日・19日の2日間、「超福祉の学校@SHIBUYA～障害の有無を飛び超えて、つながる学び舎～」をオンライン開催する。参加無料、一部を除き事前予約不要。当日誰でもWebサイトからシンポジウムを視聴できる。
小学生のころに体験活動や読書、お手伝いを多くしていた子供は、家庭の環境に関わらず、高校生になって自尊感情や外向性、精神的な回復力といった項目の得点が高くなる傾向にあることが、文部科学省が2021年9月8日に発表した調査結果より明らかになった。
文部科学省は2021年9月7日、新型コロナウイルス感染症の影響を踏まえた新学期への対応等に関する状況調査の結果を発表。公立の幼稚園・小中高校の1割以上が、夏季休業の延長や臨時休業を実施または実施予定と回答した。
新型コロナウイルス感染症による休校時の教育委員会の対応は、内容に強弱や地域差があることが、文部科学省委託調査の速報結果から明らかになった。背景には、地域の大卒割合、教育に対する保護者の関心・関与の階層差が影響している可能性があるという。
日本私立大学連盟は2021年8月25日、自民党の文部科学部会で意見開陳を行い、大学入学共通テスト実施時期の1か月前倒し、中間所得層に対する学生支援等、高等教育政策と予算・税制関係について要望した。
平日1日あたりのテレビゲーム時間は小中学生ともに増加しており、「1日1時間以上」と回答した割合は約75％にのぼることが、全国学力テストの質問紙調査より明らかになった。1日あたりのテレビゲームの時間が増えるほど、各教科の平均正答率は低い傾向にある。
新型コロナウイルス感染症ワクチンの大学拠点接種について、文部科学省は2021年8月30日週に新たに91大学が接種を開始すると発表した。法政大学や明治大学等が接種を開始し、自大学の教職員・学生だけでなく近隣の教育関係者等にも接種対象を拡大する予定。
第14回国際地学オリンピックが、2021年8月25日から30日までオンラインで開催された。日本からは4名の高校生が参加し、1名が金メダルに相当するExcellent、2名が銀メダルに相当するVery Good、1名が銅メダルに相当するGoodを受賞した。
2021年度（令和3年度）全国学力・学習状況調査（全国学力テスト）の結果を受けて、文部科学省の萩生田光一大臣は2021年8月31日、コメントを発表した。教科調査の結果については「改善の傾向が見られたものがある一方、依然として課題が認められるものがあった」と述べた。
文部科学省は2021年8月31日、小学6年生と中学3年生を対象に実施した2021年度（令和3年度）全国学力・学習状況調査（全国学力テスト）の結果を発表した。新型コロナウイルス感染症による臨時休業期間の長さと各教科の平均正答率との相関関係はみられなかった。
文部科学省は、2022年度概算要求を発表した。文部科学関係予算は5兆9,161億円。新たに「GIGAスクール運営支援センター整備事業」に64億円、「教育データサイエンス推進事業」に4億円を計上した。
