中学受験専門の進学塾で、全国に校舎を持ち、その過半数が首都圏に集中している。
日能研では、小3から小6までの4年間を5つのステージに分け、小3（ステージI）、小4前期（ステージII）、小4後期・小5前期（ステージIII）、小5後期・小6前期（ステージIV）、小6後期（ステージVI）と進み、各ステージの間に夏期講習が設けられている。
ステージII以降は「授業～家庭学習～テスト～ふり返り」を1つのサイクルとして学習が進められる。“学びが授業から始まる”日能研では、予習は奨励されず、復習が重視されているという。
1クラスの人数は20～30人で、これは仲間と学ぶことの相乗効果が得られる理想的な人数という考え方に基づくもの。また、各クラスは学力別に編成され、小4～5は2か月に1回、小6は毎月のクラス分けが行われる。
講師は、1教科専任の「授業担当者」と「クラス担当者」が置かれ、各担当者が連携して生徒をサポートする。
1週間の通塾日数は、小3が2科目で1～2日、小4が4科目で2～3日／2科目で1～2日、小5が4科目で3日／2科目で2日、小6が4科目で3～4日／2科目で2～3日（ただし、校舎によって開講クラスが異なる）。
日能研は安全対策に力を入れており、警察OBで構成される防犯のプロ集団「Nセキュリティ」による通室サポートのほか、「光るNバッグ」および「防犯Nブザー」の配布、また首都圏では、PASMOを利用した入退室見守りシステム「キッズセキュリティ」も導入されている。
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