2013年度大学入試センター試験の出願受付が10月1日（月）より開始した。出願期間は10月12日（金）まで。受験案内の配布は9月3日より希望者に無料で配布している。 出願資格は、高校または中等教育学校を卒業した者、もしくは2013年3月卒業見込みの者。通常の課程による12年の学校教育を修了した者、もしくは3月修了見込みの者。2013年高校を卒業した者と同等以上の学力があると認められる者、もしくは2013年3月31日までにこれに該当する見込みの者。 出願方法は、10月1日（月）から12日（金）に志願票に検定料受付証明書を添えて、在学する学校の校長を経由して大学入試センターに郵送により提出する。在学生以外は、志願票に検定料受付証明書および出願資格を証明する書類を添えて、直接、大学入試センターに郵送する。大学入試センター試験の検定料は、3教科以上を受験する場合18,000円、2教科以下を受験する場合12,000円。東日本大震災で被災した受験生は、検定料が免除される。 実施日は、2013年1月19日（土）と1月20日（日）の2日間で、1日目は、「地理歴史」「公民」「国語」「外国語」、2日目は、「理科」「数学」を実施する。 2012年度の大学入試センター試験で問題の配布忘れなどの混乱が生じた「地理歴史」と「公民」については、1試験時間で実施し、最大2科目を選択できる。登録された受験科目数に関わらず、すべての受験者にパッケージ化された「地理歴史と公民の2冊」が配布される。試験当日は、登録した受験科目数にしたがって「地理歴史」「公民」を合わせた10科目の中から回答科目を選択することができる。 2013年度から新たに参加する大学は、私立大学が「14大学21学部」。既に一部の学部で参加しているが他の学部で新たに参加する大学は、国公立大学が滋賀大学の「1大学1学部」、私立大学が「10大学10学部」。参加を取りやめる大学は、「3大学4学部」。これで大学入試センター試験に参加する大学は11大学増え、過去最高の685大学となる。
