国立感染症研究所は1月10日、最新のインフルエンザ流行レベルマップをホームページに掲載した。2012年12月24日-12月30日のインフルエンザ患者の報告数は16,419人、定点あたり報告数は3.35となり、10月22日以降増加が続いている。 同研究所では、全国約5,000のインフルエンザ定点医療機関を受診した患者数を把握している。過去の患者発生状況をもとに設けられた基準値から、保健所ごとにその基準値を超えた場合に、注意報レベルや警報レベルを超えたことを知らせる仕組みになっている。具体的には、都道府県ごとに警報レベルを超えている保健所があれば赤色系3段階で、注意報レベルを超えている保健所があれば黄色系3段階で示してある。 定点当たり報告数を都道府県別にみると、群馬県（15.05）、栃木県（10.72）、佐賀県（10.26）、埼玉県（8.08）、沖縄県（7.79）、岩手県（6.42）、茨城県（6.10）の順に多く、42都道府県で増加がみられた。警報レベルを超えている保健所地域は群馬県で1か所、注意報レベルを超えているのは15都府県で33か所となった。 インフルエンザ様疾患発生報告によると、全国の保育所、幼稚園、小学校、中学校、高校において、休校が2、学年閉鎖が2、学級閉鎖が9件発生している。 2012年9月3日以降の国内におけるインフルエンザウイルスの検出状況をみると、AH3亜型（A香港型）の割合がもっとも多く検出されているという。
