文部科学省は2020年3月10日、各都道府県・指定都市教育委員会学校給食主管課などに、臨時休業に伴う学校給食休止への対応を通知。「学校臨時休業対策費 補助金」が新たに創設され、学校設置者が保護者に学校給食費を返還する費用を国が補助する。 新型コロナウイルス感染対策のための小学校、中学校、高等学校および特別支援学校などにおける一斉臨時休業の要請で、「臨時休業中の児童生徒等の監督者の確保等の保護者の負担などが生じないよう、政府として責任を持って対応する」旨の方針が示されている。 3月10日に決定した新型コロナウイルス感染症に関する緊急対応策（第2弾）では、学校給食休止への対応として、臨時休業期間中の学校給食費（食材費）は、保護者の負担とならないよう、返還などを行うことを学校設置者に要請。学校設置者が、保護者に学校給食費を返還するために要した費用などに対し、国が補助を行うとしている（補助率は公立で3/4など）。 緊急対応策第2弾では、1弾の153億円に加え、4,308億円の財政措置を講じている。そのうち学校の臨時休業に伴って生じる課題への対応は2,463億円。学校給食休止への補助金は212億円となっている。 学校再開後も、新型コロナウイルス感染症の感染防止に向け、万全の衛生管理が求められていることを踏まえ、学校給食調理業者（パン、米飯、めんなどの最終加工・納品業者を含む）の衛生管理の徹底・改善を図るための職員研修や設備などの購入を地方公共団体が支援する事業に対し補助を行う。 文部科学省は、補助金の執行は、全国学校給食会連合会を通じて手続きを進められるため、各都道府県の学校給食会または学校給食・食育支援センターと十分に連携を取りつつ、円滑な執行を依頼している。
