文部科学省は2020年4月1日、新型コロナウイルス感染症に対応したガイドラインを改訂し、都道府県教育委員会などに通知した。臨時休校の実施については、感染の事実や感染者数から基準を一律に定めるのではなく、個々の事情を確認のうえで判断するよう求めている。
文部科学省は、2019年度（令和元年度）「設置計画履行状況調査の結果」を公表した。調査対象校437校のうち、設置計画の履行状況に対して指摘を受けた学校は107校。このうち、入学定員充足率が低い、退学者が多いなどの理由により是正を求められた学校は9校だった。
新型コロナウイルスの感染が都市部を中心に拡大していることを受けて、文部科学省の萩生田光一大臣は2020年3月31日、患者急増が懸念される地域で臨時休業を続ける可能性があることを示唆した。学校再開ガイドラインをさらに具体化する考えも明らかにした。
文部科学省は2020年3月27日、「外国人児童生徒等の教育の充実について（報告）」を公表。同日に公表された「外国人の子どもの就学状況等調査結果（確定値）」によると、外国人の子ども1万9,471人が不就学の可能性にあるという。
文部科学省は2020年3月26日、「初めての通級による指導を担当する教師のためのガイド」を作成し、Webサイトに公開した。通級指導を担当する教師が教育現場で活用できるよう、指導の心掛けや実践例、1年の流れなどをわかりやすく紹介している。
文部科学省は2020年3月27日、児童虐待の未然防止・早期発見につなげるための手引書「児童虐待への対応のポイント～見守り・気づき・つなぐために～」を作成した。家庭教育支援や地域学校協働活動などの関係者に向けて、留意してほしいポイントなどをまとめている。
厚生労働省と経済産業省、消費者庁、文部科学省は、新型コロナウイルス感染症対策についてわかりやすく伝える動画を作成し、公表している。おもに子ども向けに手洗いや換気などの感染症対策を解説し、簡単にできるマスク作りも紹介している。
文部科学省は2020年3月27日、「留学を予定・考えていた日本人学生の皆さんへ」と題したメッセージを発表。新型コロナウイルス感染症の拡大を踏まえ、留学の是非またはその延期の必要性について改めて検討するよう呼び掛けた。
文部科学省は2020年3月24日、主権者教育（政治的教養の教育）に関する実施状況調査の結果について公表した。2019年度の高校3年生の実施状況をみると、「実施した（予定を含む）」が95.6％。具体的な指導内容は「公職選挙法や選挙の具体的な仕組み」がもっとも多い。
文部科学省は2020年5月26日より、全国7会場にて2019年度の教科用図書検定結果を公開する。2021年度から中学校で使用される教科用図書は検定の結果、再申請を含めた全申請点数115件のうち106点が合格した。
文部科学省は2020年3月24日、「新型コロナウイルス感染症に対応した学校再開ガイドライン」を公表した。児童生徒が感染または濃厚接触者に特定された場合は、出席停止の措置を取る。入学式や始業式などでは、換気など集団感染対策を講じる。
文部科学省は2020年3月19日、「官民協働海外留学支援制度～トビタテ！留学JAPAN日本代表プログラム～」の第13期応募状況を発表した。採用予定400人に対して大学生など1,568人が応募した。
文部科学省は2020年3月17日、科学技術の理解増進施策の一環として、作成した「一家に1枚 南極－地球の未来を映す窓－」ポスターのダウンロード用画像を科学技術週間Webサイトに公開した。
文部科学省は一斉臨時休校の影響を考慮し、2020年4月16日に実施予定の全国学力・学習状況調査（全国学力テスト）を取りやめると発表した。2020年度中に実施するか否かも含め、今後改めて検討するという。
一斉臨時休校に関して、文部科学省は対応や考え方などをまとめたQ＆Aを更新し、2020年3月9日付で全国の教育委員会などに通知した。児童生徒の外出については、屋外での適度な運動や散歩などを「妨げるものではない」との見解を示している。
文部科学省は2020年3月10日、各都道府県・指定都市教育委員会学校給食主管課などに、臨時休業に伴う学校給食休止への対応を通知。「学校臨時休業対策費 補助金」が新たに創設され、学校設置者が保護者に学校給食費を返還する費用を国が補助する。
