政府は緊急事態宣言の対象地域に関西3府県を追加する方針だが、京都大学は2021年1月12日、湊長博総長が学生に緊急メッセージを公表した。自由で活発な大学生活を取り戻すために、感染防止の基本などを守るよう呼び掛けた。また、同志社大学は受験生に向け、メッセージを発信した。 京都大学は、おもな感染経路は経口飛沫感染であることから、不織布マスクを外した状態での第三者との近距離での会話や食事（会食）を避けることを求めている。相手が誰であるか、どのようなシチュエーションであるか、昼か夜かは問わない。もし感染した場合に、無症状や軽症であっても感染拡大の起点となり、高リスクの人々に深刻な病気をもたらす危険性があることを強く肝に銘じること。基本を忠実に守った生活を送ることが、少しでも早く本来の大学生活を取り戻す必須条件としている。 また、京都府、大阪府、兵庫県の各知事から政府に対し、首都圏に続き緊急事態宣言発令の要請がなされたことから、京都大学は2月7日までをめどに、「新型コロナウイルス感染拡大防止に伴う活動制限のガイドライン」における各カテゴリーの対応レベルをレベル1から再度レベル2（ー）に引き上げた。対面授業は原則停止し、オンライン授業を中心に実施する。 同志社大学は1月12日、受験生に向けてメッセージを発信した。すでに緊急事態宣言が発出された首都圏では、大学入学共通テストは変更なく行われることになっており、同大学も入学試験を予定通り実施する。試験会場における感染症対応を適切に行うことで、安心して入学試験に臨んでもらえるよう準備しているという。また、新型コロナウイルス感染症に罹患するなどにより、2021年度一般選抜入学試験を受験できなかった入学志願者を対象として、3月7日に特別試験を実施する。特別試験は、京田辺校地で実施し、科目は2科目（文系型：英語および国語、理系型：英語および数学）。対象者は、一般選抜入学試験の試験日当日から2日後までに申請する。 関西大学は1月8日、今学期の授業・到達度確認・学期末試験は、予定通り実施すると公表。なお、課外活動については公式戦などを除き、対面での活動を禁止。学生には、「対面授業における感染拡大予防マニュアル」を遵守し、引き続き緊張感をもって学内外で行動することを要請している。
