2013年度のセンター試験は前年と比べ、多数の受験生に影響を与えるトラブルは発生しなかった。しかし、1月19日に実施された地理歴史・公民の試験時間中に途中退室して問題冊子を持ち出し、予備校関係者に渡すという事件が発生した。また、問題訂正の板書の際に転記ミスをした試験会場があったことにも触れ、「監督業務を怠り、誠に遺憾である。事態を真摯に受け止め、今後の改善に努めていただきたい。」とコメントした。問題冊子の持ち出しに関して警察が調査しているが、問題の内容が試験時間中に拡散した可能性については極めて低いという。
文科省では、試験会場においては緊張感を持った対応と、より万全な体制とすることを指導していくとしている。
なお、大学入試センター試験に関する会見は、1月22日の会見動画の3:00から視聴できる。
