国からの助成金で設置した事業所内保育施設の運営状況は、2012年9月末時点で、680施設のうち51施設が廃止、30施設が休止されていたことが、会計検査院の調査で明らかになった。計81施設の総支給額は8億3,790万円にのぼる。 厚生労働省は、職業生活と家庭生活の両立支援に対する事業主の取組みを促すことによる労働者の雇用安定を目的に、一定基準を満たす事業所内保育施設の設置・運営に助成金を支給している。 会計検査院は、1993年～2011年に助成金の支給を受けて設置された保育施設が円滑に運営されているか、47労働局管内の680施設を対象に調査した。2012年9月末現在、東日本大震災の被災地を除く37労働局管内で、廃止施設が51施設、支給額は5億3,380万余円。また、休止施設は30施設、支給額は3億0409万余円。計81施設の総支給額は8億3,790万円にのぼる。 81施設のすべてにおいて保育施設が長期的かつ安定的に運営される可能性が十分に検討されないまま、設置等計画が認定されていた。 廃止または休止した主な理由は、「設置等計画どおりの乳幼児数が確保できなかった」36施設（81施設の44％）、「事業主等の経営状態や業績が悪化」24施設（同29.6％）などとなっていた。 運営開始から廃止または休止までの間の運営期間は、運営費助成金の支給対象期間内である5年未満のものが26施設（81施設の32.1％）、運営費助成金の支給対象期間終了後1年を経過していない5年以上6年未満のものが12施設（同14.8％）などとなっていた。 保育施設が廃止や休止となることを未然に防ぐため、従業員の利用希望アンケートなど、保育施設の定員の見積資料を事業主に提出させて財務状況を確認すべきであるとして、会計検査院は厚生労働省に改善要求をした。
