発達障害等のある児童生徒の不登校率は13.26％で、全児童生徒の約3.6倍にのぼることが、文部科学省が公表した報告書で明らかになった。学校段階別にみると、発達障害等のある児童生徒の不登校率は、小学校より中学校で高かった。
「発達障害のある幼児児童生徒に対する就学前からの切れ目のない支援体制構築事業（特別支援教育・不登校担当の校内連携体制の在り方に関する調査研究）」は、不登校児童生徒の約2～3割に発達障害の診断・疑いなどがあることなどを踏まえ、効果的な不登校予防策や校内支援体制の在り方を整理し、支援体制の充実につなげることを目的としている。
2025年度（令和7年度）は、全国の小中学校1,570校を対象に実施し、432校から回答を得た。回答校では、2024年度（令和6年度）の児童生徒12万9,014人のうち、不登校は4,788人で、不登校率は3.71％だった。
このうち、特別支援学級（自閉症・情緒障害）に在籍する児童生徒は4,563人で、不登校は577人。通級による指導を受けていた児童生徒は2,903人で、不登校は206人だった。また、通常の学級に在籍し、通級による指導を受けていない児童生徒のうち、発達障害（疑いを含む）に起因する特別な教育的支援の求めや相談があった児童生徒は2,175人で、このうち495人が不登校だった。
これら3区分をあわせると、対象児童生徒9,641人のうち1,278人が不登校で、不登校率は13.26％。全児童生徒の3.71％と比べ、約3.6倍にのぼることがわかった。
学校段階別にみると、発達障害等のある児童生徒の不登校率は、小学校より中学校で高かった。3区分をあわせた不登校率は、小学校では7.94％だったのに対し、中学校では25.13％と3倍以上になった。特に、通常の学級に在籍し、通級による指導を受けていないものの、発達障害（疑いを含む）に起因する特別な教育的支援の求めや相談があった児童生徒では、小学校14.79％、中学校46.08％とさらに高い割合となった。
調査では、発達障害等のある児童生徒の不登校率と、学校で実施している支援策との関連も分析した。その結果、通常の学級でできる支援や合理的配慮の組織的な検討、校内委員会・ケース会議の機能、学校と保護者の連携、わかりやすい授業づくり、本人・保護者との建設的対話と合意形成、就学・進学時の丁寧な情報引継ぎの6項目が、不登校率の低下と統計的に有意な関連を示した。
報告書では、通常の学級に在籍しながら適切な支援につながっていない児童生徒への早期のアプローチに加え、通常の学級全体を対象とした環境づくりや授業改善の重要性を指摘。校長のリーダーシップのもと、特別支援教育と不登校支援の担当者、保護者、関係機関などが連携し、組織的な支援体制を構築することが求められるとしている。
なお、今回の調査は432校の回答をもとにしたもので、報告書では、回答校の地域に偏りがある可能性などにも留意が必要だとしている。
