厚生労働省は2026年10月16日、第41週（10月5日～11日）のインフルエンザ発生状況を発表した。定点あたり報告数は12.81人で、前週から1.46人増加した。神奈川県と埼玉県では定点あたり20.0人を超えたほか、北海道で前週比7.00人増となるなど、全国的に増加傾向にある。
第41週の全国のインフルエンザ報告総数は4万7,746人。定点あたり報告数は12.81人で、前週の11.35人から増加した。都道府県別では、北海道が前週から7.00人増（9.21人から16.21人）、岩手県が4.75人増（8.59人から13.34人）、山口県が4.13人増（8.23人から12.36人）など、増加幅は自治体によって異なる。
第41週の定点あたり報告数は、沖縄県が31.34人でもっとも多く、神奈川県21.60人、埼玉県20.99人、千葉県19.55人、北海道16.21人と続いた。
沖縄県は第39週の42.50人をピークに、2週連続で減少した。また、愛知県も3週連続で減少し、第41週は11.47人となった。このほか、静岡県が前週から1.29人減、岡山県が0.62人減など、前週比で減少した自治体もみられるものの、多くの自治体では増加傾向となっている。
全国の保育所や幼稚園、小・中・高校では、第41週に休校31件、学年閉鎖333件、学級閉鎖1,339件が報告された。休業施設数は計1,703施設で、前週の937施設から約1.82倍に増加した。施設別では小学校が1,107校でもっとも多く、中学校401校、幼稚園71園、高等学校67校と続いた。
季節性インフルエンザは例年12月～3月に流行するが、2026年は8月28日に流行入りが公表され、1999年の感染症法施行以降、2番目に早い流行入りとなった。厚生労働省は、インフルエンザの予防策として、石けんと流水による手洗いやこまめな換気、適切な湿度の維持などを呼びかけている。
