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文部科学省は2021年9月17日、新型コロナウイルス感染症の影響を踏まえた新学期への対応等に関する状況について、第2回調査結果を公表した。9月13日時点で短縮授業または分散登校を実施している割合は、高等学校と中等教育学校で3割を超えた。
さいたま市では2学期開始以降、市立小学校で約21％、市立中学校で約12％の児童生徒がオンライン授業を受けていることが2021年9月13日、さいたま市教育委員会の調査結果から明らかになった。市立学校では緊急事態宣言中、ハイブリッド授業を実施している。
文部科学省は2021年9月16日、新型コロナウイルス感染症ワクチンの大学拠点接種について、9月20日週にワクチン接種を開始する大学の状況を発表した。神田外語大、大阪国際大等、4大学が開始する。
文部科学省は2021年9月17日、学校関係者における新型コロナウイルス感染症の感染状況について発表した。2020年6月1日から2021年8月31日までの間、幼児児童生徒5万4,149人の感染の報告があった。特に2021年8月は7月の3.4倍へと急増している。
文部科学省は、ワクチン接種が留学先から求められている今秋留学予定の18歳以下の高校生等について、2021年9月24日をもってワクチン接種案内の新規申請受付を終了すると発表した。申請を予定している場合は、9月24日までに申請するよう呼びかけている。
2018年の初等教育から高等教育の公的支出が国内総生産（GDP）に占める割合は日本が4.0％で、OECD平均4.9％を下回っていることが、OECD（経済協力開発機構）が2021年9月16日（現地時間）に発表した調査結果より明らかになった。
6～15歳の子供が新型コロナウイルスに感染した場所は、「学校等」が増加傾向にあることが2021年9月16日、厚生労働省の調査結果からわかった。9月に「学校等」で感染した割合は、6～12歳が10.9％（前月比4.3ポイント増）、13～15歳で16.8％（同2.9ポイント増）であった。
文部科学省は2021年9月14日、新型コロナウイルスワクチンについて、希望する受験生が早期に接種できるよう各自治体に配慮を要請する考えを示した。受験生のワクチン接種に積極的に取り組んでいる自治体の事例を集めた事務連絡も厚生労働省とともに発出した。
大学入試センターは2021年9月14日、令和4年度（2022年度）大学入学共通テスト新型コロナウイルス感染症対策等について公表した。マスク着用の義務付けや、無症状の濃厚接触者への対応等について触れている。
2022年度（令和4年度）大学入学共通テストについて、文部科学省は2021年9月14日、体調不良の受験生が安心して選択できるよう、全都道府県に追試験会場を設置すると発表した。
文部科学省は2021年9月10日、新型コロナウイルス感染症等により登校できない児童生徒の出席の扱いについて、対象者や要件を整理した資料を公表した。オンラインを活用した学習の扱い等について規定している。
ヤマハは、小学校向けデジタル音楽教材「うた授業」の一部を、2021年9月13日から10月31日までの期間無料で公開する。これは新型コロナウイルス感染症の対応が長期化する中での児童、生徒の「学び」を支援するもので、ユーザー登録等の手続きを行うことなく利用が可能。
東京都教育委員会は2021年9月10日、Webサイト「TOKYO ENGLISH CHANNEL」を開設したことを発表した。同Webサイトは多様な英語学習の機会の拡充、充実した英語教育の提供を目的としており、英語学習コンテンツをWebサイト上に一元的に掲載している。
文部科学省は2021年9月9日、緊急事態宣言の延長等にともない「新型コロナウイルス感染症対策の基本的対処方針」が変更されたことを受けて、大学等の学校設置者に変更内容を通知した。感染症対策の徹底と学修機会の確保を両立する工夫等をあらためて要請している。
文部科学省は2021年9月9日、政府の「新型コロナウイルス感染症対策の基本的対処方針」が変更されたことを受け、各学校とその設置者に対して変更内容を通知し、感染対策の徹底を要請した。
文部科学省は2021年9月10日、「2022年度（令和4年度）大学入学者選抜実施要項に関するQ&A」を公開した。新型コロナウイルス感染症にともなう追試験の実施、濃厚接触者への対応、受験生のマスク着用の義務付け等に関して、わかりやすくまとめている。
