文部科学省は2021年4月16日、子供を性暴力の当事者にしないための「生命（いのち）の安全教育」の教材と指導の手引きを公表した。教材では、発達段階に応じたねらいや表現で、自分や相手の体を大切すること、性暴力の被害に遭ったときの対応などを伝えている。
中学受験準備のため、コロナ禍の特例的な欠席の扱いを利用して小学校を自主休校する児童が2020年度末に多く存在したことについて、文部科学省の萩生田光一大臣は2021年4月14日、「本来の義務教育の在り方として望ましくない」と語った。自治体に適切な対応を周知する。
文部科学省とスポーツ庁は2021年4月9日、学校の水泳授業（幼稚園におけるプール活動を含む）における感染症対策について事務連絡を発出。地域の感染状況を踏まえ、密集・密接の場面を避けるなど対策を講じたうえで、水泳授業の実施について検討するよう呼び掛けた。
大学入試センターが大学入学共通テストを利用する大学への成績提供手数料の値上げを検討していることを受け、文部科学省の萩生田光一大臣は2021年4月13日、「学生に転嫁するのはやめてもらいたい」と語った。成績提供手数料の値上げ分を受験料に上乗せしないよう強調した。
文部科学省は2021年4月13日、高等教育の修学支援新制度により、住民税非課税世帯の進学率が約7ポイント～11ポイントの上昇が確認できたと発表した。新制度がなければ進学をあきらめていたとの回答は34.2％にのぼる。
まん延防止等重点措置を受け、文部科学省は2021年4月9日、感染防止と対面・オンライン授業の両立という基本方針に変更がない考えを明らかにした。大学での感染事例の多くが、放課後の飲み会や部活動で起きているとし、学生の学修機会の確保に理解を求めた。
文部科学省は2021年4月9日、2019年度（令和元年度）公立学校教職員の人事行政状況調査の結果を公表した。精神疾患による病気休職者は5,478人。前年度（2018年度）から266人増加し、過去最多の人数となった。
文部科学省は2021年4月5日、2021年度大学教育再生戦略推進費「大学の世界展開力強化事業～アジア高等教育共同体（仮称）形成促進～」の公募要領案を公表した。対象は国内の国公私立大学。アジア諸国の大学との連携による教育研究プログラムに対へ重点的に財政支援を行う。
文部科学省は2021年3月25日、「不登校児童生徒等または療養等による長期欠席生徒等を対象とする特別の教育課程を編成して教育を実施する学校に関する指定要項」を一部改正した。
文部科学省は2021年3月30日、「外国人留学生在籍状況調査」および「日本人の海外留学者数」等について公表した。2020年5月1日時点の外国人留学生数は27万9,597人で前年（2019年）より10.4％減。新型コロナウイルス感染症による影響が顕著に現れた。
文部科学省は2021年4月6日、新年度に担任教員が不足している実態を踏まえ、全国の自治体を対象に初めて、教員不足の実態を把握する調査を行う考えを示した。2021年度から少人数学級に向けた動きが始まる中、教員不足解消に向け、実態調査に着手する。
旺文社教育情報センターは4月5日、文部科学省が3月に公表した「大学入学者選抜における多面的な評価の在り方に関する協力者会議」における「審議のまとめ」のポイントを整理し、解説を加えてWebサイトに掲載した。
自民党の有志による「こども庁」創設の提言に関して、萩生田光一文部科学大臣は2021年4月2日の記者会見で「自民党でしっかりとした議論が行われることを期待をしたい」と述べた。
文部科学省は2021年4月1日、2021年度（令和3年度）における修学旅行等の実施に向け配慮を要請する通知を全国の学校設置者に発出した。新年度を迎えてあらためて、修学旅行や遠足、社会科見学などの教育活動について、実施に向けた特段の配慮を求めている。
文部科学省は「教育現場におけるオンライン教育の活用」について取りまとめ、2021年4月1日にWebサイトで公表した。不登校児らが自宅などで行うオンライン学習を一定の要件のもと出席扱いとするほか、学習者用デジタル教科書は現行基準を撤廃する。
文部科学省は2021年3月31日、学校関係者における新型コロナウイルス感染症の感染状況について発表した。2020年6月1日から2021年2月28日までの間、児童生徒1万4,626人、教職員1,902人の感染の報告があった。
