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文部科学省は2021年6月21日、新型コロナウイルス感染症ワクチンの大学拠点接種を開始した。東北大学、大阪大学、慶應義塾大学等の17校で接種をスタートし、27日までに新たに鹿児島大学や弘前大学等の11校が加わり、週内には国公私立28大学で大学拠点接種が行われる。
新型コロナウイルス感染症ワクチンの大学拠点接種について、文部科学省の萩生田光一大臣は2021年6月22日、メッセージを発表した。大学拠点接種を行うにあたり、本人の意思の尊重、同調圧力や不当な扱いの禁止、接種後の感染予防策継続を呼び掛けている。
文部科学省は2021年6月22日、大学等が開講するおもに知的障害者を対象とした生涯学習プログラムに関する調査（2020年度）の報告書をWebサイトに公開した。
新型コロナウイルス感染症の予防接種を中高生等に集団で実施することについて、文部科学省は2021年6月22日、学校設置者に通知を発出した。学校集団接種について「現時点で推奨するものではない」と明記し、接種が事実上の強制とならないよう留意すべき点を示している。
文部科学省の「大学入試のあり方に関する検討会議」は2021年6月22日、2025年以降の大学入学共通テストにおける英語民間検定試験と記述式問題の導入について「実現は困難であると言わざるを得ない」とする提言案を示した。
文部科学省は2021年6月18日、「新型コロナウイルス感染症対策の基本的対処方針」が変更されたことを受けて、小学校、中学校、高校、大学等や学校設置者に向けて、変更内容を通知するとともに、引き続き基本的対処方針等に基づき感染症対策を徹底するよう要請した。
文部科学省は2021年6月17日、新型コロナウイルス感染症の感染拡大地域の専門学校等で陽性者が生じた場合、濃厚接触者の特定等に協力するよう求める事務連絡を学校設置者に通知した。所管の専門学校や専修学校への周知をお願いしている。
政府の経済財政諮問会議は2021年6月18日、「経済財政運営と改革の基本方針2021（骨太方針2021）」を閣議決定した。中学校への35人学級導入の検討、災害時等にオンライン教育に移行できる態勢を年内に全国で整えること等を盛り込んでいる。
文部科学省は2021年6月17日、飛鳥新社の記事に対する抗議文書を公表した。「危機に立つ教科書検定 教科書調査官が突然泣き出した」と題した月刊Hanadaの2021年7月号掲載記事について、事実誤認と強く抗議し、記事の撤回を求めている。
文部科学省は2021年6月16日、「2020年度（令和2年度）地方教育費調査」の中間報告を公表した。2019年度（令和元年度）に支出された地方教育費総額は、前年度（2018年度）比4,153億円（2.6％）増の16兆3,848億円と、2年ぶりに増加した。
文部科学省は2021年6月15日、大学や高等専門学校、教育委員会等に向けて、国内外でワクチン接種が進捗しつつあること等を踏まえて、大学間交流協定等に基づく1年間の海外留学プログラムについて、学生の安全確保に万全を期することを前提に再開すると通知した。
新型コロナウイルス感染症ワクチンの大学拠点接種について、文部科学省は2021年6月14日までに161大学から相談があり、このうち東北大学や慶應義塾大学等8大学が6月21日から接種開始の目途がついていると発表した。
文部科学省は2021年6月21日、全国的な学力調査のCBT化検討ワーキンググループの第10回会議をオンラインにて開催する。傍聴希望者は、6月18日午後5時までに会議傍聴受付システムから登録すること。
文部科学省は2021年6月11日、「新型コロナウイルス感染症対策の基本的対処方針」が変更されたことを受けて、全国の学校設置者に変更内容を通知するとともに、あらためて基本的対処方針等に基づき感染症対策を徹底するよう要請した。
名古屋市教育委員会は、GIGAスクール構想において市立小中学校に配布を進めているタブレット端末について、市の個人情報保護条例に違反している疑いがあるとして使用を一時中止した。目的を明らかにしないまま操作履歴を収集して保管していることが問題視されている。
文部科学省は2021年7月6日、GIGAスクールと宇宙飛行士が連携した教育活動「GIGAスクール特別講座 ～君も宇宙へ！～」を開催する。事前申込不要。ISSに滞在している星出宇宙飛行士への質問やメッセージを6月15日午後5時より受け付ける。
