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文部科学省は2021年1月6日、「地域社会に根ざした高等学校の学校間連携・協働ネットワーク構築事業（COREハイスクール・ネットワーク構想）」の公募を開始した。対象校種は国公私立の高校・中等教育学校。委託先は学校設置者。
文部科学省は2021年1月5日、新型コロナウイルス感染症の新規感染者数が急激に増加している現状を受けて、幼稚園、小学校、中学校、高校などに向け、感染症対策の徹底を求めた。学校のみを休業することは避けるべきとし、臨時休業は必要最低限にとどめるよう周知している。
文部科学省の萩生田光一大臣は2021年1月5日に臨時記者会見を行い、大学入学共通テストを予定通り実施する考えをあらためて表明した。緊急事態宣言が出された場合も学校の一斉休校は避けることが適切とし、高校入試なども予定通り実施することを求めた。
文部科学省は2020年12月25日、「教育行政に係る法務相談体制構築に向けた手引き（第1版）」をWebサイトに公表した。弁護士との連携を深め、学校・地域の実情にあった法務相談体制を構築するための手順や留意点、事例などをまとめている。
文部科学省は、教育データの標準化について今後のスケジュールや枠組み、学校コード、学習指導要領コードなどの情報を集約し、Webサイトにまとめている。教育データ標準は、2020年10月に公表した第1版に続き、2021年4月には第2版を公表予定。
菅内閣総理大臣は2021年1月4日、1都3県について緊急事態宣言の検討に入ることを明らかにした。緊急事態宣言が発令されても小中学校の一斉休校は要請せず、大学入学共通テストは予定通り実施するという。
文部科学省、外務省、広島大学、筑波大学が主催する、持続可能な開発目標達成に向けた国際教育協力日本フォーラム（17th JEF for SDGs）が2021年2月2日にオンライン配信にて開催される。申込みは広島大学教育開発国際協力研究センターのWebサイトにて受け付ける。
文部科学省は2020年12月25日、国立大学法人の戦略的経営実現に向けた検討会議において、「国立大学法人の戦略的な経営実現に向けて～社会変革を駆動する真の経営体へ～」として検討結果（最終とりまとめ）を公表した。
医学部の不正入試問題に関連して文部科学省は、全国81の国公私立大学医学部医学科における2020年度と2019年度の男女別合格率を公表した。2020年度入試で、女子合格率が男子を上回ったのは23校。不正を指摘された10校では昭和、マリアンナ医科、金沢医科の3大学だった。
高校（全日制・定時制）、中等教育学校後期課程卒業者（過年度卒を含む）の大学・短大への進学率は過去最多となる58.6％であることが、文部科学省が2020年12月25日に公表した2020年度（令和2年度）学校基本調査（確定値）より明らかになった。
文部科学省は2020年12月25日、2020年度（令和2年度）の私立の幼稚園・小学校・中学校・高校（全日制）の授業料等調査結果を公表した。私立高校（全日制）の初年度納付金の平均額は74万8,924円で、都道府県別にみると神奈川県がもっとも高かった。
文部科学省は2020年12月25日、私立大学等の令和元年度（2019年度）入学者に係る学生納付金等調査結果を公表した。2019年度の私立大学（学部）の初年度学生納付金は、前年度（2018年度）より0.4％増となる134万723円だった。
文部科学省は2020年12月23日、「コロナ禍の中で学生の理解・納得を得るための大学の工夫例」をWebサイトに公開した。遠隔授業や学生相談、就職支援など、全国13校の国公私立大学の工夫例を写真入りで紹介している。
文部科学省は2020年12月23日、2021年度（令和3年度）全国学力・学習状況調査の実施要領を全国の教育委員会などに通知した。2021年5月27日に国公私立学校の小学6年生と中学3年生を対象に国語と算数・数学の調査を行う。経年変化分析調査や保護者に対する調査も実施する。
文部科学省は2020年12月23日、国立大学法人などの令和元年度（2019年度）に係る業務の実績に関する評価結果について発表。北海道大学は、「業務運営の改善・効率化」の項目で重大な改善事項が認められた。
文部科学省は2020年12月23日、GIGAスクール構想の実現による児童生徒1人1台端末の活用事例などの情報発信サイト「StuDX Style」を開設した。活用推進に向けて「GIGA StuDX推進チーム」を設置し、全国の教育委員会・学校に対する支援活動を展開する。
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