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東京都教育委員会は2021年6月15日、2021年度東京都公立学校教員採用候補者選考（2022年度採用）の応募状況を発表した。応募者数は、前年度より1,120人減り、過去12年でもっとも少ない1万226人。応募倍率は、前年度と同じ3.9倍であった。
教育課題に特化した国際基金「GPE（Global Partnership for Education／教育のためのグローバル・パートナーシップ）」は、2021年7月28日・29日（現地時間）にロンドンで開催される世界教育サミットに向けて、英国とケニアの学校訪問を実施した。
科学技術振興機構（JST）は2021年6月11日、「次世代研究者挑戦的研究プログラム」における2021年度事業統括、および事業統括が策定する「博士後期課程学生支援プロジェクト」の募集を開始した。申請主体および事業実施機関は、日本国内の国公私立大学。
東京都立高校全日制普通科の入試で行われている男女別定員制の廃止を求め、都立高校現職教員らが組織する「東京ジェンダー平等研究会」は2021年6月9日、会見を行った。ネット署名には2万9,000人以上が賛同しており、女子生徒が不利になる入試制度の見直しを訴えている。
文部科学省は2021年6月8日、「学校の『危機管理マニュアル』等の評価・見直しガイドライン」を公表した。「チェックリスト編」「解説編」「サンプル編」の3編で構成しており、各学校で危機管理マニュアルの見直し・改善を行う際等に活用できる。
世界大学評価機関の英国クアクアレリ・シモンズ（Quacquarelli Symonds、以下「QS」）は2021年6月9日、世界大学ランキング2022を発表した。日本の大学は48％が前年より順位を下げた。
国際基督教大学（ICU）は2021年6月7日、日本の高等教育機関としては初めてのデジタル学修歴証明書として、夏期日本語教育（サマーコース）の修了証明書のデジタル化を実現したことを発表。コース修了生は修了証明書の送付にデジタル証明書の利用が可能となる。
大学におけるワクチン接種の取組みを支援するため、文部科学省は2021年6月4日、省内に「大学等ワクチン接種加速化検討チーム」を設置した。大学等の教職員・学生へのワクチン接種を加速化させるため、約40人体制でチームを組んで進めていく。
2022年3月卒業予定の大学4年生（理系は大学院修士課程2年生含む）の2021年6月1日時点の内定率は、前年同期を7.8ポイント上回る71.8％であることが、ディスコが6月7日に発表した調査結果（速報版）より明らかとなった。
慶應義塾大学と近畿大学は2021年6月7日、学生・教職員等を対象とした新型コロナウイルスワクチンの職域接種に協力する方針を決定したと発表した。他にも、大阪大学や大阪府立大学、大阪市立大学、広島大学でもワクチン接種を行うという。
先生の働き方改革を応援するラジオ風YouTube番組「TDXラジオ」は2021年6月7日、Teacher’s ［Shift］～新しい学びと先生の働き方改革～第30回の配信を公開した。宝仙学園小学校の加藤朋生先生をゲストに迎え、マルチポテンシャライトな生き方に迫る。
文部科学省は2021年6月4日、新型コロナウイルス感染症の影響が続く場合、2022年度以降の高等学校入学者選抜等（小学校や中学校、特別支援学校、専修学校高等課程等の入学者選抜を含む）においても2021年度と同様の配慮等をするよう、各教育委員会等に要請した。
第48回教育再生実行会議が2021年6月3日、総理大臣官邸で開催された。教育再生実行会議の鎌田薫座長は第十二次提言「ポストコロナ期における新たな学びの在り方について」の提言を菅総理に手渡した。
イギリスの高等教育専門誌「Times Higher Education（THE）」は2021年6月2日、「THEアジア大学ランキング2021」を発表した。日本の大学は「東京大学」6位、「京都大学」10位、「東北大学」27位が上位に入った。
埼玉県教育委員会は2021年6月2日、西部地区の県立高等学校の教諭が教員免許状の有効期限を誤認し、申請期限までに免許更新の手続きを行わなかったため、3月31日をもって教員免許状が失効し、同日にさかのぼって失職となったことを発表した。
玉川大学は2021年6月2日、幼少期における運動経験が後年の認知機能の維持・増進に関与する脳の神経ネットワークと皮質構造の変化を解明したことを発表した。この研究成果は科学雑誌「NeuroImage」に5月23日（オランダ時間）に論文掲載された。
